主要有以下原因：
1.在儿童1岁之前，可以展现的行为范围有限，对其行为类型和发育状况进行决定性的诊断依据不足，也没有有效的仪器测查。
2.孤独症儿童中，有很大一部分智力也有问题，许多家长因为对智力障碍的担心而将孤独症忽略了。
3.孤独症的主要问题之一是语言发展的问题，而语言发展问题不到3岁是不能完全判明的。
4.一部分孤独症儿童开始时的发育呈现与正常孩子相同的状况，直到2-3岁时孤独症症状才显现出来。
5.一部分父母对孩子的身心发展缺乏知识，一开始是忽视，后来是不相信，想观望一段时间，结果使诊断时机推迟。
6.目前许多医院医生对孤独症诊断知识欠缺，缺乏足够的临床经验，特别是对轻微的小年龄的孤独症症状确认困难，因而把孤独症看成是暂时性疾患的情况很多。
